ADVES-自然科学教育高度化部門

「それ何マグロ?」身近な生命科学実習 2022A

ADVES Boot Camp – Molecular Biology in our daily lives – (2022A)

「それ何マグロ?」身近な生命科学実習 2022A

ADVES Boot Camp – Molecular Biology in our daily lives – (2022A)

 

マグロの切り身の味や形状からその種別を判別・評価することは、魚の専門家でない限り極めて難しい。では、どうすれば誰でも正確に再現的にマグロの種別を判別できるでしょうか?

この実習では、まず、マグロの切り身または寿司をとして出発材料として受け取ります。 次に、分子生物学的手法を使用してマグロを解析し、それがどのマグロ種であるかを判断します。 最後に、このコースでの結果についてミニプレゼンテーションを行います。

本実習では、分子生物学的手法を用いたマグロ属に属する魚の種別判別実験の体験を通じて、1. 基礎的な実験スキル・考察方法習得、2. ニュースなどでもよく出てくるDNA、PCRといった生命科学用語・技術の理解を学習することを目的とします。


目次

0. 本実習の履修を検討している学生さんたちへ
1. 実習の内容

2. ガイダンス
3. 実習実施日
4. 教室
5. 問い合わせ先(学生から教員へ)
6. お知らせ周知方法(教員から学生へ)


0. 本実習の履修を検討している学生さんたちへ

  • 対面授業に参加可能な学生のみに履修を制限します。
  • 履修希望者多数の場合抽選します。
  • 生命科学初心者・文科学生の参加も大歓迎します。
  • ガイダンス日程・抽選等、下記1〜6. を確認してください。

実験室で実際に手を動かして生命科学実験を体験することが本授業の特色の一つです。作業してみると、教科書やビデオ学習とは異なり、思わぬところで失敗(小さなつまずき)や気づきがあります。これらの良質な体験を通じた学習は、資料配布 + 質疑応答、オンデマンド授業 + 質疑応答、等の現状の代替手段では実施することは極めて困難であると考えています。そのため、本授業は対面授業に参加可能な学生のみに履修を制限します。また、きめ細かい指導質問・交流しやすい雰囲気づくり、も本授業のミッションとしています。そのため、履修希望者多数の場合は抽選します。

1. 実習の内容

第1部:分子生物学的手法の基礎体験 ・スキル習得

マグロの切り身もしくは、ブロックから、DNA抽出、PCR法による増幅、サンガーシーケンス法によるDNA配列決定、配列解析を行います。最終的に得られたDNA配列情報をデータベース参照により既知のマグロ配列と比較すします。その結果から、自分がどの種別のマグロ属の切り身を与えられたのかを考察し、ラボミーティングスタイルで結果考察を発表します。

① 本実習内容の説明
② マグロからDNA抽出・精製
③ 遺伝子増幅法(PCR法)によるDNAの増幅とDNA配列特異的切断酵素による切断
④ DNA断片を電気泳動により分離して検出
⑤ 得られたDNAのパターンからマグロの種別判別
⑥ サンガーシーケンス解析によるマグロの種別判別
⑦ 結果に関する発表および、ディスカッション 

第2部: “考えるトレーニング”

上記の既定の作業に加え、参加している学生各自の学習到達度・実験の進行度合いに個別に対応し、初心者でも理解可能なシンプルな課題を個人/グループに随時与えます。Web 検索や過去のプリント集を閲覧しても、答えは簡単には見つかりません。各自/グループは、実験を自らデザインして各種の検討を行う必要もあります。規定の実習の作業内容に追加するこの“考えるトレーニング” 、答えが確定していない課題に挑戦する体験楽しみながら実習に取り組んでください

2. ガイダンス

昼休み中、12:15~12:45 にオンライン(Zoom)にて実施します。Zoom URLは、UTASを確認してください。オンライン開催なので、昼食をとりながら参加しても構いません。実験室でガイダンスを受けたい、実験室を見学したい学生さんは、下記の問い合わせ先から担当教員へ連絡してください。

2022年10月3日(月)12:15〜12:45
2022年10月4日(火)12:15〜12:45
2022年10月5日(水)12:15〜12:45
2022年10月11日(火)12:15〜12:45
2022年10月12日(水)12:15〜12:45

3. 実習実施日

集中講義として、対面形式のみにより、下記の日時に行います。

実験の進行状況により下記の時刻に終了できない場合があります。

◎は発表会、必ず出席する必要がある。それ以外の日程はから5日間(実質6日間出席)、失敗した実験をやり直す、急なスケジュール変更、自主的に追加で作業実験した場合は、担当教員とスケジュール調整して出席する必要がある。定期試験や個別の事情により、実習日に参加できない学生は、*必ず*事前にその旨を連絡すること。

2022年2月3日(金)13:00〜18:00
2022年2月6日(月)13:00〜18:00
2022年2月7日(火)13:00〜18:00
2022年2月8日(水)13:00〜18:00
2022年2月9日(木)13:00〜18:00
2022年2月10日(金)13:00〜18:00

2022年2月13日(月)13:00〜18:00
2022年2月14日(火)13:00〜18:00
2022年2月15日(水)13:00〜18:00
2022年2月16日(木)13:00〜18:00
◎2022年2月17日(金)13:00〜18:00

4. 教室

KOMCEE EAST 3階 教育開発用実験室

5. 問い合わせ先(学生から教員へ)

– 本実習専用メールアドレス:

practical-bio@adves.c.u-tokyo.ac.jp

*何か不明な点がありましたら、遠慮なく連絡してください。

6. お知らせ周知方法(教員から学生へ)

① 履修登録可能な学生が確定するまで(抽選が終わるまで)は、https://bit.ly/3Q3fhO0 に随時最新情報を発信します。

② 抽選終了後、履修者を本授業のGoogle Classroomへ招待します。授業の具体的な連絡、授業資料・課題の配布等などはGoogle Classroomを利用します。

*全体共有する必要のない個別の連絡に関しては、メール(practical-bio@adves.c.u-tokyo.ac.jp)を利用します。

以上


このお知らせは上記の授業に関する内容です。
開講年度:2022
科目区分:主題科目 全学体験ゼミナール
講義題目:「それ何マグロ?」身近な生命科学実習-マグロ属魚類の魚種類判別-
時間割コード:60223
開講区分:A2


2022/07/31 ADVES003
2021/09/30 ADVES003

Experiments a lot & “thinking training”

It is complicated to classify tuna (sushi, fillets, blocks) by taste or shape unless you are a fish expert. So then, how do we determine the type of tuna accurately and reproducibly?

We will first receive a tuna fillet or sushi as a specimen in this practical course. Next, we will analyse the tuna using molecular biological methods to determine its tuna species. Finally, we will give a mini-presentation on our results in this course.

This course aims to learn (1) basic experimental skills and discussion methods and (2) an understanding of life science terms and techniques such as DNA and PCR, often mentioned in the daily news.


Table of Contents

0. For students who are considering taking this course
1. Content of this course
2. Guidance
3. Schedule of the practical course
4. Laboratory
5. Contact information (from students to faculty staff)
6. Class communication (from faculty to students)


0. For students who are considering taking this course

We welcome participation by life science novices and non-science majors from any division.

Only students who can attend the face-to-face class are eligible to take the course.

If the number of students exceeds the capacity, there will be a selection process for those who can take the course. For details, please check 0-2.

1. Content of this course

Part 1 (A-side)

To Acquire skills that form the basis of molecular biological experiments.

Perform DNA extraction, amplification by PCR, DNA sequencing by Sanger sequencing method, and sequence analysis from tuna fillets or blocks. The final DNA sequence information obtained is compared with known tuna sequences by database reference. Based on the results, students will discuss which species of tuna genus they were given the fillets and present the results discussed in a lab meeting style.

General flow

  • Explanation of the contents of this course
  • DNA extraction from tuna specimen
  • DNA amplification by PCR
  • Electrophoresis of the DNA fragments and detection
  • Sequencing of PCR products by Sanger sequencing method
  • Identification of tuna species based on the sequencing results
  • Presentation and discussion

Part 2 (B-side)

“Thinking training”

In addition to the above flow, individuals/groups are given simple assignments that even beginners can understand, individualised attention to the participating students’ learning achievement and experimental progress. We cannot easily find the answer by searching the Web or browsing past print collections. Also, each student/group needs to design and conduct various experiments.
“Thinking training” will be added to the work content of the prescribed practical flow, the experience of challenging tasks for which the answers are not fixed. We hope that you will enjoy your stay in this course.

2. Guidance

The guidance will be held online (Zoom) during a lunch break from 12:15 to 13:45. Please check the online session URL in the UTAS syllabus. Students who wish to visit the laboratory or talk face-to-face with the class instructor must contact the instructor in advance using the contact information below.

October 3 (Mon), 2022, 12:15-12:45
October 4 (Tue), 2022, 12:15-12:45
October 5 (Wed), 2022, 12:15-12:45
October 11 (Tue), 2022, 12:15-12:45
October 12 (Wed), 2022, 12:15-12:45

3. Schedule of the practical course

The course will be an intensive lecture in a face-to-face format on the dates and times listed below.

Depending on the progress of the experiment, it may not be possible to complete the course at the following time.

Students who cannot attend the practical training day due to periodic examinations or other individual circumstances should be sure to notify us in advance. Please make individual schedule adjustments so as not to affect the progress of the practical course.

February 3 (Fri), 2022, 13:00-18:00
February 6 (Mon), 2022, 13:00 – 18:00
February 7 (Tue), 2022, 13:00-18:00
February 8 (Wed), 2022, 13:00-18:00
February 9, (Thu), 2022, 13:00-18:00
February 10 (Fri) 2022, 13:00-18:00

February 13 (Mon), 2022, 13:00-18:00
February 14 (Tue), 2022, 13:00-18:00
February 15 (Wed), 2022, 13:00-18:00
February 16 (Thu), 2022, 13:00-18:00

◎ is a presentation and must be attended. Other days are 5 days (actually 6 days of attendance). In case of re-doing failed experiments, sudden schedule changes, or additional work experiments on your own initiative, you need to adjust your schedule with your instructor and attend the class. Students who are unable to attend the lab days due to periodic examinations or individual circumstances must notify the instructor in advance.

4. Laboratory

KOMCEE EAST 3rd floor, Laboratory for Educational Development (EDL)

google map: https://goo.gl/maps/jceXhmfc1BTot8vj6

5. Contact information (from students to faculty staff)

– ADVES Bootcamp Email:

practical-bio@adves.c.u-tokyo.ac.jp

If you have any questions, please do not hesitate to contact us.

6. Class communication (from faculty to students)

1) Until the number of students who can register for the class is confirmed (until the selection process is completed), the latest information will be sent to https://bit.ly/3Q3fhO0 as needed.

2) After the selection process is complete, we will invite-only students eligible to take the class to Google Classroom for this class. In addition, we will use our Google Classroom for specific communication about the course distribution of course materials and assignments.

For personal communications that do not need to be shared with the entire class, we will use email (practical-bio@adves.c.u-tokyo.ac.jp).


This page is about the following class.

ADVES Boot Camp -Molecular Biology in our daily lives-
Classification of tuna species using Molecular Biology Approach
Target: Students in any division interested in life science are welcome.
Course Code: 60223
Term/Semester: S2


2022/07/31 ADVES003